Este sistema se basa en la captación de todo el aire a tratar para posteriormente hacerlo pasar por un filtro biológico (lecho vegetal).
El depósito suele estar construido en fibra de vidrio o polipropileno y de dimensiones según el aire a tratar. El aire entra por la parte inferior y se distribuye por toda la superficie del depósito permitiendo la salida del mismo sólo a través de la masa vegetal.
El aire al entrar al biofiltro pasa através de un lecho vegetal. Este lecho vegetal se debe mantener humedo para crear un biofilm aquoso donde puedan residir microorganismos. Estos microorganismos son los encargados de descomponer y metabolizar los elementos contaminantes en el aire (oxidación biológica).